基于深度学习，以及图论、复杂网络和组合优化等理论，设计生物信息学算法，对生物医学大数据进行分析和处理，进而解决生命科学和医学中的关键难题。如：
1、利用深度学习神经网络模型，如自然语言处理模型、图神经网络模型、几何深度学习模型等对生物序列和蛋白质结构等进行功能以及功能位点的预测，为疾病的诊断和药物研发提供技术指导。
2、基于图论算法设计转录组拼接问题中的基因剪接表示方法，并设计全新的组合优化算法完成最优路覆盖问题的求解。
3、利用组合优化和深度学习理论对真核生物染色质交互位点进行预测，从而识别出疾病状态和正常状态染色质的差异交互方法，为复杂疾病的发病机理研究提供理论依据。
4、利用复杂网络和组合优化理论，设计全新的算法识别出人类不同癌症类型的癌症驱动基因，为癌症的发病机理研究，之后的诊断和治疗提供关键技术支持。

1.基于RNA测序数据的转录组拼接算法设计与分析，国家自然科学基金面上项目，69万，主持，2023/01-2026/12.
2.beat365在线体育官方网站“青年学者未来计划”，50万，2020/01-2024/12；
3.基于参考基因组的转录组拼接算法研究及其在癌症中的应用，国家自然科学基金青年基金（项目号：61801265），30万，主持，2019/01-2021/12；
4.基于高通量RNA-seq数据的转录组拼接算法设计与应用，山东省自然科学基金培养基金（项目号：ZR2018PA001），5万，主持，2018/03-2020/06;
5.基于二代RNA-seq数据转录组拼接的理论研究与算法设计，中国博士后科学基金面上资助（项目号：2018M632659），5万，主持；
6.乳腺癌精准医学中的数学模型与算法研究，国家科学技术部重点专项（项目号：2020YFA0712400），1764万，参加（项目骨干，分配经费：50万元），2020/07-2025/06；
7.基于图与组合优化的生物数据和网络数据挖掘算法研究，国家自然科学基金委重点项目（项目号：11931008），270万，参加（分配经费：10万），2020/01-2024/12；

25. Yangyang Liu, Jiyun Han, Tongxin Kong, Nannan Xiao, Qinglin Mei, Juntao Liu* (通讯作者 2023.12), DriverMP enables improved identification of cancer driver genes. GigaScience. (SCI, JCR 1区，IF: 9.2)
24. Haonan Wu, Jiyun Han, Shizhuo Zhang, Gaojia Xin, Chaozhou Mou, Juntao Liu* (通讯作者 2023.11), Spatom: a graph neural network for structure-based protein–protein interaction site prediction. Briefings in Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF: 9.5)
23. Dengyi Zhao, Juntao Liu* (通讯作者 2023.11.01), Ting Yu*, Protocol for transcriptome assembly by the TransBorrow algorithm. Biology Methods & Protocols. (ESCI, IF: 3.6)
22. Jiyun Han, Shizhuo Zhang, Juntao Liu* (通讯作者 2023.09.15), Protocol for predicting peptides with anticancer and antimicrobial properties by a tri-fusion neural network. Star Protocols. (Cell子刊 新)
21. Yilin Yu, Juntao Liu* (通讯作者 2023.09.03), SCM enables improved single-cell clustering by scoring consensus matrices. Mathematics. (SCI, JCR 1区，IF: 2.4)
20. Wanyun Zhou#, Yufei Liu#, Yingxin Li, Siqi Kong, Weilin Wang, Boyun Ding, Jiyun Han, Chaozhou Mou, Xin Gao*, Juntao Liu* (通讯作者 2023.03.10), TriNet: A tri-fusion neural network for the prediction of anticancer and antimicrobial peptides. Patterns. (Cell子刊，IF: 6.5)
19. Pengfei Ding, Zhenhua Ming, Juntao Liu, Ivan Erill, Zheng Zhang (2022.10.19), Editorial: Microbiome and microbial informatics. Frontiers in Microbiology. (SCI, 中科院2区Top，IF: 6.064)
18. Chunxiang Wang#, Zengchao Mu#, Chaozhou Mou#, Hongyu Zheng, Juntao Liu* (通讯作者 2022.01), Consensus-based clustering of single cells by reconstructing cell-to-cell dissimilarity. Briefings in Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF: 13.994)
17. Ting Yu, Renmin Han, Zhaoyuan Fang, Zengchao Mu, Hongyu Zheng, Juntao Liu* (通讯作者 2021.07.13), TransRef enables accurate transcriptome assembly by redefining accurate neo-splicing graphs. Briefings in Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF: 11.622)
16. Zengchao Mu, Ting Yu, Xiaoping Liu, Hongyu Zheng, Leyi Wei*, Juntao Liu* (通讯作者 2021.06), FEGS: A novel feature extraction model for protein sequences and its applications. BMC Bioinformatics, 22:297. (SCI, 中科院2区，IF：3.242)
15. Chunxiang Wang, Xin Gao* and Juntao Liu* (通讯作者 2020.10.7), Impact of data preprocessing on cell‑type clustering based on single‑cell RNA‑seq data. BMC Bioinformatics, 21:440. (SCI, 中科院2区，IF：3.242)
14. Ting Yu, Zengchao Mu, Zhaoyuan Fang, Xiaoping Liu, Xin Gao*, Juntao Liu* (通讯作者 2020.8.17), TransBorrow: Genome-guided transcriptome assembly by borrowing assemblies from different assemblers. Genome Research, 30(8). (SCI, 中科院1区Top，IF：11.093)
13. Xiangyu Liu, Di Li, Juntao Liu, Zhengchang Su, Guojun Li (2020.7.11), RecBic: a fast and accurate algorithm recognizing trend-preserving biclusters. Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF：5.61)
12.Ting Yu#, Juntao Liu# (共同一作), Xin Gao*, Guojun Li* (2020.1.27) iPAC: a genome-guided assembler of isoforms via phasing and combing paths. Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btaa052. (SCI, 中科院1区Top，IF：4.531)
11.Zengchao Mu, Ting Yu, Enfeng Qi, Juntao Liu* (通讯作者), Guojun Li* (2019.06) DCGR: Feature extractions from protein sequences based on CGR via remodeling multiple information. BMC Bioinformatics, 20:351. (SCI, 中科院2区，IF：2.511)
10. Juntao Liu, Ting Yu, Zengchao Mu, Guojun Li* (2019.4.9), TransLiG: a de novo transcriptome assembler that uses line graph iteration. Genome Biology, 28(81). (SCI, 中科院1区Top, IF：14.028)
9. Juntao Liu, Xiangyu Liu, Xianwen Ren*, Guojun Li* (2019.3.31), scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions. Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF：4.531) 
8. Juntao Liu, Ting Yu, Tao Jiang*, Guojun Li* (2016.10.19), TransComb: genome-guided transcriptome assembly via combing junctions in splicing graphs. Genome Biology, 17(213). (SCI, 中科院1区Top, IF：14.028)
7. Juntao Liu, Guojun Li*, Zheng Chang, Ting Yu, Bingqiang Liu, Rick McMullen, Pengyin Cheng, Xiuzhen Huang* (2016.2.19), BinPacker: Packing-Based De Novo Transcriptome Assembly from RNA-seq Data. Plos Computational Biology, 12(2): e1004772. (SCI, 中科院1区Top, IF：4.428)
6. Juntao Liu, Jianyang Sun, Xiuzhen Huang, Guojun Li, Bingqiang Liu* (2015.7), Goldindec: A Novel Algorithm for Raman Spectrum Baseline Correction. Applied Spectroscopy, 69(7): 834. (SCI, 2区, IF：1.872)
5. Juntao Liu, Xiaoyun Duan, Jianyang Sun, Yanbin Yin, Guojun Li, Lushan Wang, Bingqiang Liu* (2013.11.20), Bi-Factor Analysis Based on Noise-Reduction (BIFANR): A New Algorithm for Detecting Coevolving Amino Acid Sites in Proteins. Plos One, 8(11):e79764. (SCI, 2区, IF：2.766)
4. Bo Gao, Yue Zhao, Yang Li, Juntao Liu, Lushan Wang, Guojun Li*, Zhengchang Su* (2018.12), Prediction of Driver Modules via Balancing Exclusive Coverages of Mutations in Cancer Samples. Advanced Science. (SCI, 中科院1区Top，IF：15.804)
3. Ashraful Arefeen, Juntao Liu, Xinshu Xiao, Tao Jiang* (2018.2.23), TAPAS: Tool for Alternative Polyadenylation Site Analysis. Bioinformatics. (SCI, 中科院1区Top，IF：4.531)
2. Bo Gao, Guojun Li*, Juntao Liu, Yang Li, Xiuzhen Huang* (2017.3.21), Identification of driver modules in pan-cancer via coordinating coverage and exclusivity. Oncotarget, doi: 10.18632/oncotarget.16433. (SCI, 1区，IF：5.168)
1. Zheng Chang, Guojun Li*, Juntao Liu, Yu Zhang, Cody Ashby, Deli Liu, Carole L. Cramer, Xiuzhen Huang* (2015.2), Bridger: A new framework for de novo transcriptome assembly using RNA-seq data. Genome Biology. (SCI, 中科院1区Top, IF：14.028)

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2022 outstanding Research Topic，2023;
发明专利：一种癌症驱动基因识别方法、系统、存储介质及设备，2023；
发明专利：一种基于深度神经网络的抗癌肽和抗菌肽预测方法及系统，2023；
发明专利：基于图神经网络的蛋白质相互作用位点预测方法及系统，2023；
学科竞赛优秀指导教师，2021；
数学建模优秀指导教师，2020；
全国大学生数学建模竞赛，2022年 国家二等奖 指导教师 1项；
全国大学生数学建模竞赛，2022年 山东省二等奖 指导教师 3项；
全国大学生数学建模竞赛，2021年 山东省一等奖 指导教师 1项；
全国大学生数学建模竞赛，2021年 山东省二等奖 指导教师 2项；
美国大学生数学建模竞赛，2021年 特等奖提名 指导教师 1项；
美国大学生数学建模竞赛，2021年 二等奖 指导教师 2项；
全国大学生数学建模竞赛，2020年 国家一等奖 指导教师 1项；
全国大学生数学建模竞赛，2020年 山东省一等奖 指导教师 2项；
全国大学生数学建模竞赛，2020年 山东省二等奖 指导教师 1项；
全国大学生数学建模竞赛，2019年 山东省二等奖 指导教师 1项；

2012.09 - 2017.06，beat365在线体育官方网站数学学院，运筹学与控制论，博士学位 
2008.09 - 2012.06，beat365在线体育官方网站数学学院，信息与计算科学，学士学位

2020.09 - 至今，副教授，beat365在线体育官方网站（威海），beat365在线体育官方网站
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1. Molecular Therapy - Nucleic Acids期刊：Editorial Board；
2. BMC Bioinformatics期刊：Editorial Board；
3. Mathematics期刊：Guest Editor；
4. 多个学术杂志（如：Genome Biology, Briefings in Bioinformatics, Bioinformatics, BMC Genomics, Applied Spectroscopy等）的审稿人；

2015.10 - 2016.10，美国加州大学河滨分校，计算机科学与工程系，联合培养博士 

2018：王春祥
2020：肖楠楠 余忆琳

博士：
2023：韩济蕴

硕士
2021：张仕卓
2022：刘洋洋 赵邓益 孔童心
2023：关明明 祝延浩 辛高佳